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Développements en phylogénomique

Audience : Adulte - Grand Public
Le Pitch
Cette thèse présente les développements bioinformatiques ayant abouti à la création de 2 logiciels. Tout d'abord, nous plongerons dans l'inférence phylogénétique, présentant un état de l'art du domaine puis en détaillant l'implémentation de MetaPIGA 2, un logiciel qui permet d'inférer une phylogénie via l'utilisation de méta-heuristiques. Quatre méta-heuristiques ont été adaptées pour cette problématique : un hill climbing, un recuit simulé, un algorithme génétique et l'algorithme génétique méta-populationnel. Ensuite, nous mettrons en avant une approche phylogénétique pour la génomique comparative, en développant le logiciel MANTiS, qui permet d'explorer le contenu d'une sélection de génomes eucaryotes le long d'une phylogénie. Nous y expliquerons comment les relations d'homologie sont identifiées à l'aide d'arbres phylogénétiques, et comment nous pouvons suivre l'historique des événements de duplication au cours de l'évolution, déterminer quand un caractère a été gagné et perdu, reconstituer le contenu des génomes ancestraux, et étudier l'évolution fonctionnelle d'un génome au cours du temps. Cet ouvrage s'adresse aussi bien à qui s'intéresse à la biologie et/ou à l'informatique. Afficher moinsAfficher plus

Développements en phylogénomique

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Le Pitch

Cette thèse présente les développements bioinformatiques ayant abouti à la création de 2 logiciels. Tout d'abord, nous plongerons dans l'inférence phylogénétique, présentant un état de l'art du domaine puis en détaillant l'implémentation de MetaPIGA 2, un logiciel qui permet d'inférer une phylogénie via l'utilisation de méta-heuristiques. Quatre méta-heuristiques ont été adaptées pour cette problématique : un hill climbing, un recuit simulé, un algorithme génétique et l'algorithme génétique méta-populationnel. Ensuite, nous mettrons en avant une approche phylogénétique pour la génomique comparative, en développant le logiciel MANTiS, qui permet d'explorer le contenu d'une sélection de génomes eucaryotes le long d'une phylogénie. Nous y expliquerons comment les relations d'homologie sont identifiées à l'aide d'arbres phylogénétiques, et comment nous pouvons suivre l'historique des événements de duplication au cours de l'évolution, déterminer quand un caractère a été gagné et perdu, reconstituer le contenu des génomes ancestraux, et étudier l'évolution fonctionnelle d'un génome au cours du temps. Cet ouvrage s'adresse aussi bien à qui s'intéresse à la biologie et/ou à l'informatique. Afficher moinsAfficher plus

Détails du livre

Titre complet
Développements en phylogénomique: Comparaisons de génomes et estimation de grandes phylogénies
Auteur
Format
Broché
Publication
27 octobre 2011
Audience
Adulte - Grand Public
Pages
188
Taille
22.9 x 15.2 x 1.1 cm
Poids
285
ISBN-13
9783841780638
Livré entre : 31 juillet - 5 août
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